Si es que no hay un efecto observable, no se puede concluir que la planta transgénica no tiene un efecto en la especie no-objetivo, ya que ninguna de las vías indirectas han sido evaluadas. Esto significa que estas pruebas pueden ser usadas para demostrar potenciales efectos adversos pero no pueden, lógicamente, implicar seguridad o falta de existencia de un efecto. Por lo tanto, una segunda metodología es necesaria

La evaluación de riesgos para especies no nativas tiene como finalidad determinar el potencial impacto económico, ambiental, social y político de las especies no nativas. El punto meta del modelo es la capacidad de invasión; una especie es invasiva si es que puede causar alteraciones significativas en la estructura de la comunidad, tales como reemplazar una de las especies más dominantes en la comunidad, o si es que puede alterar la función del ecosistema

La evaluación de riesgos de los efectos no deseados (no-objetivo) en cultivos transgénicos debería ser específica para cada caso, dependiendo de la planta, del transgen, y del medioambiente en donde se espera será liberada. Proponemos un modelo ecológico de evaluación de riesgos que preserve las fortalezas y evite las deficiencias de dos modelos comúnmente usados, el modelo ecotoxicológico y el modelo de especies no-nativas