Los funcionarios de la Secretaría que firmaron los permisos de siembra de soya y maíz genéticamente modificados, Alfonso Flores, actual director de la DGIRA, y Mauricio Limón, ex subsecretario de gestión para la protección ambiental, fueron denunciados por Greenpeace ante el Órgano Interno de Control de la Semarnat, por dejar sin efecto las opiniones de los expertos, imputación que no ha sido resuelta a la fecha.
